Jin-Roh worum geht es?

Der Anime spielt in der fiktiven Welt der Kerberos Saga, also in einem Japan der 50er Jahre, zehn Jahre, nachdem Deutschland den Zweiten Weltkrieg gewann und nun auch Japan
beherrscht. Die Bevölkerung wird unterjocht und gewaltsame
Auseinandersetzungen der Polizei mit Aufständischen sind an der
Tagesordnung. Aus diesem Chaos hebt sich eine Terrorgruppe genannt „Die
Sekte“ mit Attentaten sowie Terroranschlägen besonders hervor. Um diesen
inneren Feind ohne Militär zur Strecke zu bringen, gründet die
Regierung die „Hauptstadtpolizei“ (Tokios).
Deren Kern ist die Spezialeinheit Kerberos, welche mit hoch
technisierten Kampfmonturen gegen die Rebellen vorgeht. Innerhalb der
Spezialeinheit entfaltet sich unbemerkt eine inoffizielle
Spionageorganisation „Wolfsbrigade“ (Jin-Roh).

Kazuki Fuse ist Teil dieses speziell ausgebildeten Kommandos und
sogar einer der Besten. Bei einer Straßenschlacht jagt die
Spezialeinheit auf eigene Faust die Rebellen in der Kanalisation, da sie
von dort ihre Bomben und speziell präparierte Molotowcocktails
verteilen. Fuse stellt einen der Bombenkuriere, ein junges Mädchen, das
eine Bombe mit sich trägt. Statt sie jedoch getreu seinen Anweisungen
zu erschießen, zögert er und fragt das Mädchen nach dem Grund für ihr
Handeln, sie antwortet nicht. Als weitere Soldaten dazu stoßen zündet
das verängstigte Mädchen die Bombe und sprengt sich damit selbst in die
Luft. Fuse überlebt dank Kampfanzug, wird aber von einem Gericht aus der
Einheit suspendiert und an die Akademie zurück geordert.

Er beginnt an seinen Handlungen in der Spezialeinheit zu zweifeln und
seine moralischen Vorstellungen zu überdenken. In Alpträumen
verarbeitet er die Situation in der Kanalisation. Er stellt
Nachforschungen über die Selbstmordattentäterin an und besucht ihr Grab.
Dort trifft er auf ihre angebliche Schwester Kei Amemiya, mit der er
eine ungewöhnliche Beziehung beginnt. Die Staatspolizei will Amemiya,
eine verhaftete Rebellin, instrumentalisieren, um mittels ihrer - nur
anfangs inszenierten - Beziehung zu Fuse die Organisation zu überführen.

Verflochten mit der Liebesgeschichte ist ein komplexes Ränkespiel aus
Spionage und Gegenspionage verschiedener, untereinander konkurrierender
staatlicher Organisationen und Behörden, darunter die Hauptstadtpolizei
deren untergeordnete rivialisierende Abteilungen Kerberos und
Öffentliche Sicherheit, sowie das wiederum ihr übergeordnete Sicherheitsministerium, als auch von ihr unabhängige Staatspolizei.

Fuse erhält von Amemiya bei ihrem ersten Zusammentreffen das deutsche Märchenbuch Rotkäppchen. Die Geschichte, eine archaische, blutige Version im Vergleich zu der von den Brüdern Grimm
überlieferten Fassung, dient dabei nicht nur als eine Art roter Faden
im Film, sondern gibt auch Hinweise auf die Beziehung zwischen den
beiden Hauptcharakteren und das zu erwartende Ende: Fuse handelt ähnlich
dem Wolf und wird von Amemiya, dem Rotkäppchen, nicht als bisher treues
Mitglied der Spionageorganisation erkannt.

Weiterhin treffen sich Fuse und Amemiya regelmäßig. Von einem
Mitglied des Sicherheitsministeriums, das mit der Staatspolizei
zusammenarbeitet, wird Fuse vor Verfolgern gewarnt. Kurze Zeit später
bittet Amemiya Fuse im Rahmen einer Beweisprovokation der Staatspolizei
um Hilfe mit dem Vorsatz, dass auch sie verfolgt wird. Fuse begibt sich
zu ihr, dort warten schon die Polizisten. Er kann sie
überraschenderweise entführen. Sie wehrt sich zwar nicht, doch beginnt
eine Verfolgungsjagd mit den Polizisten. An ihrem Zufluchtsort, einem
Vergnügungspark, vertieft sich die Beziehung.

Nach dieser Aktion werden Fuse und Amemiya scheinbar von der
Staatspolizei gesucht. Amemiya trägt jedoch einen Peilsender mit sich,
der die Polizisten zur Wolfsbrigade führen soll. Als Fuse mit Amemiya
bei einem Treffen der Organisation erscheint, will die Staatspolizei und
die Abteilung Öffentliche Sicherheit diese stellen. Dieser Schritt
wurde jedoch eingeplant und sogar der Peilsender gefunden, sodass
eigentlich die Organisation einen Hinterhalt vorgesehen hat. Fuse kann
die – erst nichts ahnenden, dann überrumpelten – Polizisten töten. Nun
erst realisiert Amemiya, dass Fuse zur Organisation gehört.

Fuse bekommt den Auftrag Amemiya töten, da sie um die Existenz der
Organisation weiß. Gleichzeitig kann die Organisation so eine
verräterische Gesinnung Fuses ausschließen. Fuse kann sich nicht
zwischen seiner Liebe zu Amemiya und der Loyalität zu seiner
Organisation entscheiden. Als Amemiya ihn umarmt und Rotkäppchen zitiert
erkennt er dass sie die Notwendigkeit ihres Todes erkannt hat,
erschießt sie und schließt mit den Worten „und dann fraß der Wolf das
kleine Rotkäppchen“.